Công tác bảo quản tại kho cơ sở của Bảo tàng Hồ Chí Minh Thừa Thiên Huế được thực hiện sau khi đã tiến hành công tác kiểm kê. Hiện vật sau khi đã đánh số phân loại theo chất liệu, được sắp xếp lên các giá kệ (bằng nhôm kính, gỗ kính) chắc chắn, tránh rơi vỡ. Vị trí sắp xếp theo hệ thống chất liệu, có thứ tự và đảm bảo cho việc nhanh chóng tìm ra hiện vật, lấy ra dễ dàng, đồng thời thuận lợi cho công việc vệ sinh hàng ngày.

Để thực hiện công tác bảo quản, ngoài việc phải nghiên cứu các yếu tố tác hại đến hiện vật bảo tàng (những điều kiện của hiện vật trước khi đưa vào Bảo tàng, những việc làm không cẩn thận do nhận thức hạn chế của con người và những điều kiện không thích hợp của môi trường), cán bộ bảo quản đề xuất những biện pháp bảo quản thích hợp, nghiêm túc thực hiện các nguyên tắc bảo quản để hạn chế, loại trừ các yếu tố tác hại đến hiện vật Bảo tàng. 

Chế độ bảo quản ở kho cơ sở Bảo tàng Hồ Chí Minh Thừa Thiên Huế còn chú trọng đến việc theo dõi nhiệt độ, ẩm độ hàng ngày: Hệ thống máy điều hoà, máy đo nhiệt độ luôn luôn hoạt động đảm bảo nền nhiệt an toàn cho hiện vật. Máy đo độ ẩm, máy hút ẩm đảm bảo kho hiện vật luôn khô ráo, tránh ẩm mốc phát triển gây hại đến hiện vật bảo quản trong kho.