Trải qua 45 năm hình thành và phát triển, Bảo tàng Hồ Chí Minh thành phố Huế ngày càng phát triển vững mạnh về mọi mặt. Nhiều năm liền đơn vị được lãnh đạo tỉnh Thừa Thiên Huế (thành phố Huế), Bảo tàng Hồ Chí Minh Trung ương, Bộ Văn hóa, Thể thao và Du lịch đánh giá là một trong những đơn vị đạt được nhiều thành tích xuất sắc trong thời kỳ đổi mới. Bảo tàng Hồ Chí Minh thành phố Huế vinh dự đón nhận nhiều danh hiệu cao quý:
- Năm 2003: Đơn vị được Bộ Văn hóa Thông tin (nay là Bộ Văn hóa, Thể thao và Du lịch) tặng cờ “Đơn vị thi đua xuất sắc ngành Bảo tồn Bảo tàng”.
- Năm 2005: Đơn vị được tặng thưởng Huân chương Lao động hạng III của Chủ tịch Nước.
- Năm 2007, 2015, 2017, 2023: Đơn vị được tặng Bằng khen của Bộ Văn hoá, Thể thao và Du lịch.
- Năm 2010, 2020: Đơn vị được tặng Bằng khen của Thủ tướng Chính phủ.
- Nhiều năm được UBND tỉnh Thừa Thiên Huế (thành phố Huế) tặng Bằng khen và công nhận danh hiệu lao động xuất sắc.

Huân chương Lao động hạng Ba

Bằng khen của Thủ tướng Chính phủ 2010

Bằng khen của Thủ tướng Chính phủ 2020

Đơn vị dẫn đầu phong trào thi đua xuất sắc ngành Bảo tồn Bảo tàng năm 2019