Hệ thống kho cơ sở bao gồm 9 kho, bảo quản hiện vật gốc thuộc 11 nhóm chất liệu (phim ảnh, giấy, dệt, mộc, gốm, kim loại, sứ, đá, nhựa, xương, da), gồm đồ dùng sinh hoạt của Chủ Tịch Hồ Chí Minh, đồ dùng Người tiếp khách, bản thảo do Người viết, sách báo Người đã đọc, ảnh, băng ghi âm và các phim về hoạt động của Người; điện, thư, quà tặng của nhân dân Việt Nam và bè bạn quốc tế gửi tặng Người.

Hiện vật tại Kho Cơ sở chủ yếu do Văn phòng Phủ Chủ tịch lưu giữ lúc sinh thời Chủ tịch Hồ Chí Minh, giao lại cho Ban Phụ trách xây dựng Bảo tàng Hồ Chí Minh sau khi Chủ tịch Hồ Chí Minh qua đời. Năm 1990, khi bảo tàng Hồ Chí Minh khánh thành, toàn bộ khối hiện vật trên được chuyển về Kho Cơ sở tại tầng hầm của tòa nhà để lưu giữ và bảo quản. Hàng năm, Kho Cơ sở được bổ sung một khối lượng lớn tài liệu, hiện vật do các cá nhân, tập thể trong và ngoài nước giao nhân, sưu tầm.

Phòng kiểm kê - Bảo quản thực hiện công tác nghiệp vụ của hai khâu trong 6 khâu công tác bảo tàng sau công tác sưu tầm. Công tác kiểm kê - bảo quản đang dần được hoàn thiện và hoạt động của kho tuân thủ theo đúng nguyên tắc bảo tàng. Nội quy Kho Cơ sở Bảo tàng Hồ Chí Minh được ban hành đầu năm 2011 (7 chương, 17 điều về công tác kiểm kê, bảo quản, làm lại, xuất nhập, khai thác và sao chụp hiện vật, trách nhiệm của cán bộ phụ trách kho chất liệu, phòng chống cháy nổ, thiên tai và các rủi ro khác). Do đặc thù loại hình, tính chất hiện vật cũng như số lượng của nó mà công tác nghiệp vụ của phòng đã được chia ra các mảng công việc chính như sau:

1. Công tác kiểm kê tài liệu, hiện vật

Năm 1990, khi Bảo tàng Hồ Chí Minh khánh thành đi vào hoạt động, Kho cơ sở được chuyển từ Khu Di tích Phủ Chủ tịch sang hệ thống kho tại tầng hầm tòa nhà. Lúc đó hiện vật được chuyển từ các hòm nhôm sang giá tủ theo từng kho chất liệu. Cuối năm 2008, phòng hoàn thành công tác tổng kiểm kê các kho chất liệu. Việc kiểm kê các kho giúp cán bộ bảo tàng nắm được số lượng tổng hiện vật bảo tàng đang quản lý, số đang lưu giữ tại kho, số lượng đang trưng bày, xuất cho các nơi mượn, chuyển giao vĩnh viễn cho các đơn vị khác.

Trên cơ sở kết quả của việc kiểm kê địa hình, chuyển giao hiện vật về đúng kho phân loại và phân công cán bộ phụ trách từng kho. năm 2012, phòng đã hoàn thành trên máy tính và đóng quyển danh mục hiện vật kho theo chất liệu (giấy, dệt, kim loại, mộc, sứ, gốm, tác phẩm nghệ thuật) và Danh mục tài liệu hiện vật khối khoa học hỗ trợ, khối tài liệu hiện vật của Văn phòng Trung ương chuyển, khối tài liệu hiện vật do đồng chí Vũ Kỳ giao...

Bảo tàng Hồ Chí Minh đã sớm đưa công nghệ thông tin vào việc quản lý và khai thác hiện vật trong Kho Cơ sở. Phần mềm quản lý hiện vật đang ứng dụng do bảo tàng Hồ Chí Minh phối hợp với Cục Di sản văn hóa xây dựng từ năm 2006. Năm 2009, do yêu cầu của công tác kiểm kê, theo đề nghị của phòng, phần mềm đã được nâng cấp một bước. Nhờ đó, ngoài việc đáp ứng được công tác tra cứu, tìm kiếm nhanh thông tin về hiện vật, còn có thể in các loại sổ sách, danh mục phục vụ công tác trung bày, kiểm kê và bảo quản.

Đối với tài liệu, hiện vật sưu tầm, nhằm thuận tiện cho việc theo dõi, tra cứu, khai thác, tìm kiếm và xuất phát từ tình trạng tài liệu sưu tầm, cán bộ của phòng Kiểm kê - Bảo quản đã tiến hành thống kê, so sánh, đối chiếu, lập danh mục khối tài liệu, hiện vật sưu tầm từ năm 1980 đến năm 2012 với 3080 đầu hiện vật, tài liệu (460 trang khổ giấy A3), để làm rõ nguồn gốc sưu tầm, tên gọi tài liệu, hiện vật, số lượng, ký hiệu sưu tầm, ký hiệu kiểm kê, ngày đăng ký.

Từ năm 2005 đến 2009, phòng Kiểm kê - Bảo quản đã tiếp nhận 7 đợt tài liệu sưu tầm từ Pháp (năm 2003, 2004, 007); Nga (năm 2006, 2007, 2008); Anh (năm 2009). Tài liệu với số lượng lớn, phần lớn chưa được xử lý, mới dừng lại ở mức bàn giao danh mục của hồ sơ lưu trữ và các files. Để thuận tiện cho việc khai thác, nghiên cứu và quản lý trong những năm vừa qua đã tiến hành tổ chức dịch, viết phiếu và lập danh mục tài liệu, hiện vật sưu tầm ở Nga - Pháp năm 2003 - 2008 theo biên niên của tài liệu. Rà soát, loại bỏ file chụp trùng nội dung, lưu lại tên file theo định dạng ngày tháng và sắp xếp theo năm khối đĩa tài liệu sưu tầm ở Pháp năm 2007: 4102 files.

Riêng tài liệu sưu tầm ở Anh năm 2009 với khối lượng lớn khoảng 9000 trang chụp của 149 hồ sơ lưu trữ, phòng đã xử lý từ những công đoạn như: In, đánh số ký hiệu tài liệu từ đĩa: 4987 trang tài liệu; Lược dịch nội dung: 1950 trang; Lập danh mục chi tiết: 588 đầu tài liệu (10 quyển danh mục tài liệu theo vấn đề).

Những năm gần đây, công tác kiểm kê khoa học đã được chú trọng và đã triển khai xây dựng một số sưu tập tài liệu, hiện vật của Kho Cơ sở với hình thức đăng ký và thực hiện các đề tài cấp bộ và cơ sở. Sản phẩm của các đề tài đã góp phần thiết thực phục vụ nghiên cứu, tra cứu, khai thác, xác minh và bảo quản lâu dài tài liệu, hiện vật sưu tập. Các đề tài cấp bộ như: "Nghiên cứu, tư liệu hoaqs sưu tập tài liệu của Chủ tịch Hồ Chí Minh chưa công bố hiện lưu giữ tại Bảo tàng Hồ Chí Minh"; xây dựng sưu tập tài liệu của chính quyền Pháp về hoạt động của Nguyễn Ái Quốc và những thành viên trong gia đình" và các đề tài cơ sở: "Nghiên cứu, xác minh về tàu Amiral Latouche Tréville và bến nhà Rồng"; "nghiên cứu, xác minh, xây dựng danh sách tập thể và các cá nhân được Chủ tịch Hồ Chí Minh tặng huy hiệu..."

2. Công tác kiểm kê phim ảnh

Số lượng phim gốc về hoạt động của Chủ tịch Hồ Chí Minh khá lớn đến con số 69.759 phim chia theo 17 chuyên đề với ký hiệu: A, BT, CB, CCRĐ, CN, CP, Đ, HS, ND, QĐ, QT, VH, NG...

Cho đến thời điểm hiện tại, phòng đã xây dựng được 17 chuyên đề ảnh mẫu như: xây dựng Đảng, Chính phủ Quốc hội, Nhân dân, Quốc tế, Ngoại giao, Văn hóa nghệ thuật, Thiếu nhi, Lực lượng vũ trang, Sinh hoạt riêng...

Mỗi bộ ảnh chuyên đề đều được nhân 2 bản, 1 bản để lưu và 1 phục vụ khai thác. Chú thích ảnh trong quyển ảnh mẫu chuyên đề đều được xác minh, bổ sung thông tin, đối chiếu với Hồ Chí Minh - Biên niên tiểu sử, đảm bảo các tiêu chí về tên gọi sự kiện, thời gian, địa điểm, những nhân vật trong ảnh, người chụp ... Các bộ ảnh mẫu chuyên đề thực sự đã giúp ích rất nhiều cho việc tìm kiếm, khai thác, xác minh ảnh hoạt động của Chủ tịch Hồ Chí Minh một cách nhanh nhất, đầy đủ nhất. Đây cũng là một hình thức số hóa hiện vật bảo tàng. Vì ảnh mẫu phục vụ khai thác và sao in, không cần sử dụng phim, ảnh gốc, đảm bảo tuổi thọ lâu dài cho phim ảnh gốc.

Năm 2011, phòng đã xây dựng danh mục phim góc của 2428 sự kiện = 69.759 phim. Danh mục ảnh tặng phẩm bao gồm ảnh và album ảnh tặng Chủ tịch Hồ Chí Minh (đa phần về các chuyến đi thăm nước ngoài của Người) gồm 462 đầu hiện vật với hàng vạn bức ảnh. Bên cạnh đó, tiến hành viết và nhập máy phiếu thông tin hiện vật ảnh với 28 tiêu chí.

Ngoài ra, phòng đã chụp và lưu giữ hàng nghìn bức ảnh ghi lại các hoạt động nghiệp vụ, đối nội và đối ngoại của Bảo tàng. Khối ảnh hoạt động Bảo tàng Hồ Chí Minh hiện lên tới con số 19.510 ảnh từ năm 1970 đến nay. Những ảnh hoạt động được in, dán quyển, đánh chú thích theo biên niên. Những năm gần đây ảnh còn được lưu vào đĩa, phục vụ cho việc khai thác, triển lãm, làm sách, phóng sự về lịch sử Bảo tàng. Đây chính là nguồn tư liệu sinh động về lịch sử hình thành và phát triển của Bảo tàng Hồ Chí Minh 45 năm qua.

3. Công tác bảo quản

Hệ thống Kho Cơ sở luôn đảm bảo an toàn và sạch sẽ, thường xuyên kiểm tra nhiệt độ và độ ẩm trong kho. Hiện vật được bảo quản theo sơ đồ địa hình chất liệu, sưu tập, khối. Định kỳ thực hiện bả quản thông thường hiện vật trong các kho chất liệu cũng như bảo quản hiện vật đang trưng bày.

Năm 2010, bảo tàng đã sử dụng vật liệu bảo quản free axit để bao ngoài cho khối bản thảo, sách di tích, báo bút tích, dệt di tích gồm: 1234 hiện vật đồ dệt, hàng nghìn trang của 15000 đầu tài liệu bản thảo; 2408 đầu tài liệu báo bút tích và 900 quyển sách di tích.

Phim ảnh gốc được bảo quản ở kho đặc biệt, nhiệt độ đảm bảo duy trì từ 8-8,5 độ, độ ẩm từ 30-35%. Hai năm trở lại đây, việc triển khai số hóa phim gốc để bảo quản lâu dài được tiến hành, kết quả đã scan 7900 phim gốc. Ngoài ra, phòng đã thay bao phim cũ bằng bao phim mới bằng giất free axit gần 3000 bao phim.

Một dự án lớn về số hóa hiện vật bảo tàng cũng đang được thực hiện, đó là số hóa toàn bộ hiện vật giấy sách di tích, báo có bút tích của Chủ tịch Hồ Chí Minh. Khoảng 957 quyển=206.000 trang; 64.800 trang  báo có bút tích (trong đó có 34.987 trang khổ A3 + 29.813 trang bản tin TTXVN khổ A4) sẽ được scan, lưu trữ lâu dài. Công tác trị liệu đối với các tài liệu hiện vật có nguy cơ hư hỏng, cũ luôn được quan tâm kịp thời.

4. Công tác phục chế - làm lại hiện vật

Kho Cơ sở là nơi cung cấp phần lớn tài liệu hiện vật cho các cuộc trưng bày và triển lãm của bảo tàng; các bảo tàng chi nhánh tại các đại phương, các cơ quan, các trường học, cá nhân trong nước và nước ngoài muốn nghiên cứu, tìm hiểu về Chủ tịch Hồ Chí Minh. Công tác phục chế, làm lại hiện vật luôn được quan tâm đáp ứng công tác trưng bày tại Bảo tàng Hồ Chí Minh, các đơn vị trong hệ thống Bảo tàng, di tích Hồ Chí Minh và các cơ quan khác. Sản phẩm hiện vật phục chế phục vụ trưng bày ngày càng được nâng cao về chất lượng. Trong đó phải kể đén, phòng đã tổ chức làm lại khoa học chính xác mô hình Nhà sàn Bác Hồ tỷ lệ 97% tại Khu di tích Đền thờ Bác Hồ, xã Long Đức, thành phố Trà Vinh, tỉnh Trà Vinh với tổng số 172 hiện vật. Nhiều đợt làm lại hiện vật nhà bếp, hiện vật sách theo yêu cầu của Khu Di tích Chủ tịch Hồ Chí Minh tại Phủ Chủ tịch...

5. Công tác phục vụ

Những năm qua, Kho cơ sảo đã cung cấp hàng nghìn bức ảnh, hàng nghìn trang tài liệu bản thảo cho Nhà xuất bản Chính trị quốc gia xuất bản đĩa CDROM Hồ Chí Minh Toàn tập và Viện Hồ Chí Minh bổ sung tái bản sách Hồ Chí Minh Toàn tập; thường xuyên tham gia đính chính, xác minh những sự kiện, tư liệu về Chủ tịch Hồ Chí Minh do các phương tiện trông tin đại chúng công bố chưa chính xác; phục vụ hàng trăm hiện vật, tài liệu cho các đài phát thanh và truyền hình, các nhà xuất bản để xây dựng các bộ phim, phóng sự truyền hình, xuất bản sách về Chủ tịch Hồ Chí Minh; tham gia biên tập nội dung và phối hợp xuất bản một số đầu sách của bảo tàng.

Kho Cơ sở là nơi cung cấp phần lớn tài liệu hiện vật cho các cuộc trưng bày và triển lãm của Bảo tàng; các bảo tàng trong hệ thống bảo tàng và di tích lưu niệm Chủ tịch Hồ Chí Minh tại các địa phương; các cơ quan, trường học, cá nhân trong nước và nước ngoài. Đặc biệt, năm 2015, triển lãm "Chủ tịch Hồ Chí Minh - người khơi nguồn sáng tạo" và triển lãm "Mỗi hiện vật một - tấm lòng với Bác" đã có dịp trưng bày và quảng bá nhiều hiện vật từ Kho cơ sở.

Những công tác nghiệp vụ của Kho Cơ sở nhằm ngày càng hoàn thiện hơn công tác kiểm kê - bảo quản hiện vật theo đúng nguyên tắc của bảo tàng học và phát huy tốt hơn nữa di sản Hồ Chí Minh mà bảo tàng đang quản lý và lưu giữ. Để ngày càng hoàn thành tốt chức năng, nhiệm vụ của phòng, những người làm công tác kiểm kê bảo quản đã không ngừng nâng cao trình độ chuyên môn nghiệp vụ, cũng như kiến thức về lịch sử thế giới, lịch sử Việt Nam và lịch sử Đảng, tích cực tham gia nghiên cứu viết bài cho hội thảo, Đặc san Thông tin tư liệu để giới thiệu, bổ sung thông tin cho những hiện vật trưng bày, hay hiện vật, sưu tập hiện vật của Kho Cơ sở.